Trong đó hầu hết đều là những loài hải sản có giá trị kinh tế cao. Theo thống kê, tổng số loài quý hiếm của VQG BTL đã lên đến 102 loài, trong đó có 72 loài động vật và 30 loài thực vật được ghi vào trong Sách đỏ Việt Nam. Không chỉ có các loài động, thực vật phong phú, ven chân các đảo của VQG còn có nhiều vũng, bãi triều đất bùn hoặc bãi cát hẹp, bãi đá v.v.. Một số vùng rộng tới hàng trăm ha, vừa có bãi bùn, bãi đá, vừa có chỗ sâu, cảnh quan đẹp thuận lợi cho việc neo trú tàu thuyền như: Vụng Cái Quýt, vụng Ổ Lợn, Cái Đé… Xung quanh các bờ đảo hình thành bởi các mũi nhô đá gối, vách đá dốc đứng. Trong các đảo núi đá có nhiều hang động. Ngoài ra còn có các bãi cát thoải, nước nông, khuất gió, như các bãi Chương Nẹp, Nhãng Rìa (Minh Châu), Sơn Hào (Quan Lạn)… cát trắng mịn, sóng êm, không khí trong lành thích hợp cho việc nghỉ dưỡng.

Đặc biệt, nhắc đến VQG BTL không thể không nói đến một cảnh quan nổi tiếng và có sức hút đến mê hồn, đó là bãi biển Minh Châu, trải dài gần 3km, cát trắng mịn, nước biển trong xanh, được đánh giá là bãi biển đẹp nhất Vịnh Bắc Bộ. Phía trên là rừng trâm tự nhiên thuần loại, có trên 100 năm tuổi với diện tích 14ha bao bọc lấy bãi biển, rất phù hợp với việc phát triển các loại hình du lịch sinh thái.

VQG BTL không chỉ là khu bảo tồn về cảnh quan thiên nhiên mà còn là nơi bảo tồn văn hoá lịch sử với các di chỉ khảo cổ như hang Soi Nhụ, nơi phát hiện sự tồn tại của người Việt cổ cách đây khoảng 14 nghìn năm... Tất cả những giá trị đó càng nhân thêm vẻ đẹp hấp dẫn và sự cuốn hút đối với mỗi du khách khi đến tham quan nơi đây.../.