Vùng đệm Vườn quốc gia có diện tích 8.850 ha trên địa bàn 33 thôn, 6 xã (thuộc 4 huyện của tỉnh Hà Giang) giáp ranh Vườn quốc gia, bao gồm: Du Già, Đường Thượng (huyện Yên Minh); xã Minh Sơn và Yên Định (huyện Bắc Mê); xã Tùng Bá (huyện Vị Xuyên); xã Thái An (huyện Quản Bạ).

Vườn quốc gia Du Già có nhiệm vụ bảo vệ các hệ sinh thái rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới núi đá vôi và các loài thực vật, động vật hoang dã nguy cấp, quý, hiếm đồng thời duy trì chức năng phòng hộ đầu nguồn của lưu vực sông Gâm và hệ thống suối trong khu vực của hồ thủy điện Tuyên Quang, góp phần ổn định sản xuất nông nghiệp, công nghiệp trong khu vực; xây dựng và phát triển cơ sở hạ tầng, tạo điều kiện cho việc nghiên cứu và phục vụ nghiên cứu bảo tồn khu hệ động vật rừng, thực vật rừng và các hệ sinh thái điển hình của Vườn…